銀河開拓から数世代。 辺境惑星の少年ホワールは、 街の外れに降り立った海賊船で不思議な少女トゥインと出会う。 海賊船に捕らわれているに違いない。 そう早とちりしたホワールは、彼女を海賊船から連れ去る。 儚い逃避行の間に、少しだけ打ち解ける二人。 この娘を守りたい、そう決意するホワール。 彼が知り得るはずがなかった。 可憐な少女が、史上最強の戦艦ゼピュロスの機能中枢である事を。 やがて少年は、 人間の自由と尊厳を賭けた苛烈な戦いへと巻き込まれていく。

トゥイン CV：北都南 本作品のヒロイン。 海賊船に欠かせぬ存在である事を知ってか知らずか、 艦長に対してすらタメグチをきく傍若無人ぶり。 だが、屈託の無さから憎まれることも無く、 半ばマスコットとして可愛がられている。 ゲイルの命令に対して従順だったトゥインだが、 ホワールに一目惚れし、自我に目覚める。 戦闘も航海もそっちのけ、わずかな人生経験と 周囲からの当てにならないアドバイスを頼りに、 ホワールの気を引くため健気にがんばる。 教育期間半ばで戦線投入されたため、 自身に課せられた真の使命に気付かずにいる。

ホワール フラットランド星系の主惑星のスラムで 姉と暮らすタンブルウィード（非正規市民）の少年。 戦艦の艦長になり、自由と富とを手に入れるのが夢。 タンブルウィードとしての経験上、 卑屈な態度が身に付いてしまっているものの、 その内には熱い正義感と頑なな意志を秘めている。 偶然海賊船を発見、そこにいた少女トゥインを 囚われ人と勘違いして連れ去った事をきっかけに、 海賊達と同行する事になる。

ゲイル CV：鳩マン軍曹 士官学校時代から操艦、 戦術において優秀な才能を見いだされ、 独立戦争末期において伝説的な戦果を挙げた名艦長。 紆余曲折が有り、現在は最強の海賊船ゼピュロスの艦長をしている。 もともとスタンドプレイを得意とする性格が禍し、 部下からの信頼は決して篤いとは言えない。 また彼自身も、誰かを信じようとはしない。 連合の艦長就任時、当時連合仕官のあいだで流行っていた、 ある物を体内に埋め込んだまま現在に至る。

ブリーズ CV：深井晴花 ゼピュロスの副官兼参謀。 個性的な乗員と大雑把な艦長に振り回され、 苦労が絶えない苦労人。 その美貌と優雅な立ち居振る舞い、 ずば抜けた知性から、男女を問わず全乗員の憧れの的。 縫いぐるみや人形など、可愛いグッズに目がなく、 寝起きを共にするトゥインを着せ替え人形にして楽しむことも。

ウィンディ CV：金田まひる ゼピュロスを最強たらしめる一因となる優秀な人材。 火器官制担当のウィンディは活動的でおしゃべり、 ゴシップ好きな格闘マニア。 一着の宇宙服に二人で入って宇宙遊泳する、 妙な特技をもつ。

シルフ CV：桜坂かい ゼピュロスを最強たらしめる一因となる優秀な人材。 索敵担当のシルフは対称的におっとりした性格だが、 過激な恋愛小説を愛読書とする濃い一面ももつ。 一着の宇宙服に二人で入って宇宙遊泳する、 妙な特技をもつ。

シュトム CV：青山ゆかり ホワールの幼なじみの、タンブルウィードの少女。 ホワールの姉を慕う、すこし引っ込み思案で 気立ての良い家庭的な性格の持ち主。 ホワールに仄かな恋心を抱くが、彼は全く気付く様子が無い。 はじめて「街に立った」夜、ガストに身請けされ、 以後、行動を共にする。 ガストは彼女の中の母性に安らぎを見いだし、 シュトムもまた彼を護り、尽くす事を決意する。

ルサールカ CV：海原エレナ ゼピュロスの船医を勤める美貌の女性。 気だるげなしぐさと漂う色香が男性陣を色めき立たせる、 自称、自由恋愛の殉教者。 かつて優秀な生化学者の卵としてアウローラ先技研への 入所を果たすが、政界のスキャンダルに巻き込まれたことから ポストを追われ、海賊船の船医となる。 彼女の場合も医者としてより、良き相談相手として乗員に頼られている。 年齢が近いせいか、ブリーズとは親しい間柄にあり、 遠慮のないやりとりをする事もしばしば。 また潔癖症気味のエオリアが苦手とする人物でもある。

ガスト CV：比留間京之介 タンブルウィード出身の公社仕官という異色の存在。 幼い頃、強引にブランドをはがされたため、 額に大きな傷を残している。 士官学校時代から指揮官としての類い稀な能力を発揮する。 ゲイルと知り合ったのもこの時期。 穏やかで人当たりの良い好人物、 面倒見が良い事から人望にも篤い。

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